一天，吳邪和好友王胖子接手了一個倉庫坍塌的工作。經過勘察吳邪發現地下的棺木源於漢代，二人將棺材吊出來以便考古隊勘察，此時卻出現了意外。出院後吳邪收到了一條三叔吳三省的奇怪短信。他決定趕到了短信中所示的地方一探究竟。

吳邪和胖子去了被泥石流掩埋的楊家老宅，吳邪發現裡面有很多東西上面都有和三叔照片後面同樣的數字—044，編號044代表什麼？室內，還有楊家從其他地方搬過來的壁畫，內容都是關於“聽雷”的。吳邪在疑惑壁畫主人身份時，又發現壁畫後藏有密室，密室內有一口棺材。

劉喪、吳邪、胖子相處很不愉快。根據黑眼鏡的資訊，吳二白說出青銅耳朵是定位地下河的，推測焦老闆可能在找南海落雲國，讓黑眼鏡找出地下河的位置。灘塗崩塌，鐵三角和劉喪四人意外進入南海王地宮。吳邪遭到大批海蟑螂攻擊，直到他逃到一尊雷公像面前，海蟑螂突然退去。

陪葬坑底的屍體突然開始攻擊吳邪和胖子。吳邪和胖子制服屍體，發現屍體之所以會動，是因為他體內有一種貝類寄生物（人手貝）。地宮另一邊，劉喪為了不讓張起靈和吳邪匯合，有意隱瞞了吳邪所在位置。劉喪想幫張起靈找到吳邪，卻意外導致吳邪和胖子被地宮中的人手貝抓走。

鐵三角吳邪、胖子和張起靈默契配合，成功躲避皮俑追擊，跳下井逃走。啞巴村那邊，黑眼鏡想到對付瞎老頭的計策，設計偷走了阿婆身上特有氣味的香料，再教導啞女假扮阿婆，塗抹阿婆身上的味道，企圖騙過瞎老頭，混進地下河。鐵三角逃進地宮排水系統，遇到許多陪葬的皮俑。

危急時刻，張起靈帶著劉喪及時趕回來，救下吳邪和胖子。與此同時，整個地宮的人手貝受到雷聲影響，全部甦醒，開始控制皮俑攻擊鐵三角和劉喪。眾人一邊抵禦攻擊，一邊尋找出路。吳二白在灘塗上發現異狀，局部爆破灘塗，眾人逃脫。但吳邪為救劉喪，再次跌回地宮。

多年前，考古隊眾人在地宮中受到人手貝和皮俑攻擊。吳三省帶著眾人逃脫。母雪海在地宮不停地拼壁畫，最終還拼出了一副地圖，就是雷城。經歷這次考古，齊晉選擇和吳二白在一起。吳邪疑惑雷城究竟是個甚麼地方？另一邊，焦老闆一路尾隨黑眼鏡，帶大部隊突襲啞巴村。

吳邪、胖子和劉喪遭遇江子算追擊墜入山崖。啞巴村地下河內，吳二白等人找到一處機關，使用青銅耳朵，看到了水中的雷城地圖。這時，焦老闆帶人包圍吳二白等人，把他們全部抓捕。焦老闆與吳二白對話，想套出地下河深處雷城的方向，吳二白不肯說，二人陷入僵持。

坎肩發現女皮俑突然出現在吳邪的屋子裡，眾人發現原來皮俑會動是因為體內寄生的人手貝在作祟。吳邪發現皮俑頭部內有一個鐵墜裝置，還沒等解密，就被吳二白打住，吳二白擔心吳邪身體狀況，讓吳邪快點回吳洲休息。吳二白將女皮俑等文物全部封存並委託十一倉運送回國內。

吳邪在“高層”白昊天的幫助下，找到女皮俑離開十一倉。胖子也被二叔弄出來了。吳邪在研究女皮俑時，發現女皮俑腦子裡的鐵墜已經被吳二白拆走了。此時，貳京奉吳二白命令趕來，收回了吳山居。吳邪和胖子被趕出門。吳邪收到獵頭的招聘信息，來到應聘地點，竟然是十一倉。

胖子對曾暗戀的飄飄關懷備至。另一邊，白昊天帶吳邪來到倉庫，裡面放著有名的“五大詭貨”中的魂瓶。魂瓶非常離奇，能聚水，所有觸碰過魂瓶的倉員，都陸續出事。吳邪決定調查魂瓶，發現其中一個受害者杜鳴夏的弟弟杜鳴秋也在十一倉工作，杜鳴秋的櫃子裡有張飛機的照片。

白昊天不想吳邪再折騰自己，於是獨自進入子倉，白昊天發現子倉中竟然有一具成年人的屍體，吳邪推測這個人一直呆在子倉中，命令歷屆倉管為他做事。吳邪意識到危險，就在這時，白昊天遭受了小個子倉管的襲擊。子倉外，杜鳴秋打算炸毀子倉。吳邪及救下白昊天和小個子倉管。

十一倉只有當了三年倉管的人才能參加二層考試，吳邪本沒有考試資格，但丁主管以“考試失敗則離開十一倉”為條件，將吳邪加入了考試名單中。丁主管認為，在這麼短的時間內，吳邪不可能掌握考試規則。商人老六索要賠償。飄飄沒錢，提出拿一個價值相當的物件賠償。

吳邪在考試時放出螢火蟲，擾亂坐標。期間那人再次襲擊吳邪，被吳邪制服，是凌南。原來是有人指使凌南這麼做，為的是保護十一倉的貨物。幕後指使以為吳邪是成陸晨的同夥，也要做對十一倉不利的事情，所以才找了凌南攻擊吳邪。丁主管為了阻止吳邪晉級，逼迫李加樂自殺。

丁主管聽說胖子在幫吳邪，找上薛五要阻撓胖子，他們決定從飄飄下手。飄飄隻身一人找到老六的上家薛五要買貨，被薛五懷疑她背後有供貨人，有可能是吳邪或者胖子。薛五用小梅的治療費做條件，讓飄飄供出背後的供貨人是誰。危急時刻，胖子出手，小梅將薛五引到了地下室。

胖子發現飄飄居然在幫薛五打工。飄飄再次試探胖子是否供貨人。薛五願意給飄飄提供小梅的醫藥費，但要求她打探出吳邪胖子來這裡的目的，未果。另一邊，吳邪見李加樂本性不壞，提醒李加樂別被丁主管利用。吳邪在查看外倉時，發現了異常，他認為真正的外倉應該在地下。